Twórca "Deklaracji z Barmen" Następnie wykładał teologię na uniwersytetach w Getyndze, Münster i Bonn. W 1934 stanowczo sprzeciwił się próbom pojednania niemieckich protestantów z Hitlerem. Był jednym z głównych inicjatorów i współautorów "Deklaracji z Barmen", która odrzuciła możliwość wszelkiej współpracy protestantów z nazizmem i przeciwstawiła Jezusa – "Führerowi". Następnie został wybrany jednym z członków rady antyhitlerowskiego niemieckiego Kościoła Wyznającego. W 1935 naziści zmusili go do opuszczenia Niemiec, gdy odmówił przysięgi na wierność Hitlerowi.
Wrócił do Szwajcarii i został wykładowcą w Bazylei. Dał się poznać jako polemista filozofii Hegla i teologii Friedricha Schleiermachera. W 1938 r. oświadczył, że żołnierze walczący z III Rzeszą, walczą o chrześcijaństwo.