Po przeniesieniu działań do Grecji dowodził razem z Markiem Oktawiuszem flotą liburnijską i achajską, podporządkowaną naczelnemu dowódcy floty Bibulusowi. W imieniu Bibulusa spotkał się z Cezarem, który blokował flotę Pompejusza i dostawy do jego armii stacjonującej w Epirze, w sprawie omówienia warunków rozejmu na czas zimy i również te rozmowy zakończyły się fiaskiem, gdyż Cezar dostrzegł, że mają na celu grę na zwłokę. Wspólnie z Oktawiuszem rozbił na Adriatyku flotę cezarian dowodzoną przez Dolabellę. Na czele 50 okrętów prowadził blokadę portu w Brundizjum, która została przerwana przez Marka Antoniusza.
Po klęsce pod Farsalos i śmierci Pompejusza wrócił do Italii, zapewne wcześniej uzyskał wybaczenie Cezara, gdzie zajął się pisaniem.
Po śmierci Cezara wspierał w walkach nowej wojny domowej swego w tym czasie zięcia Sekstusa Pompejusza, który prowadził działania na Sycylii do 36 p.n.e.. Między innymi dostarczył w lipcu 44 p.n.e. list od Sekstusa do konsulów z propozycją zawarcia pokoju dla wszystkich stron konfliktu. Następnie w 40 p.n.e. rozmawiał z Markiem Antoniuszem w Atenach w sprawie sojuszu z Sekstusem. W pierwszej połowie 39 p.n.e. przybył do Rzymu w celu przygotowania spotkania Oktawiana, Antoniusza i Sekstusa w Misenum oraz uczestniczył w samym spotkaniu jako przyboczny doradca syna Pompejusza Wielkiego.