3..
Był gospodarzem i uczestnikiem rozmów w Magdalence i prac Okrągłego Stołu. Desygnowany na premiera w lipcu 1989, nie zdołał utworzyć rządu (nie uzyskał poparcia Zjednoczonego Stronnictwa Ludowego i Stronnictwa Demokratycznego). W rządzie Tadeusza Mazowieckiego otrzymał funkcję wicepremiera od 12 września 1989.. Wówczas został przewodniczącym Komitetu Koordynacyjnego Rady Ministrów do Spraw Przestrzegania Prawa powołanego 25 września 1989.. Według Komisji Odpowiedzialności Konstytucyjnej pracującej do 1994, Czesław Kiszczak wraz z Wojciechem Jaruzelskim mieli w 1989 wydać polecenie zniszczenia stenogramów posiedzeń KC PZPR. Na początku lat 90. XX wieku toczyło się w tej sprawie postępowanie, później, ze względów formalnych, umorzoneTego nie mogli zostawić potomnym, Edward Wende, „Gazeta Wyborcza” z 26 kwietnia 1994..
6 lipca 1990 wicepremier i szef MSW Czesław Kiszczak został nagle odwołany ze swoich stanowisk przez premiera Tadeusza Mazowieckiego z powodu swojej tragicznej roli w bezprawnym mataczeniu w śledztwie dotyczącym śmierci Grzegorza Przemyka, a następnie wycofał się z życia politycznego, przekazując MSW Krzysztofowi Kozłowskiemu.