Filozofia Suarez uważany jest za twórcę teologii politycznej kontrreformacji. Jego poglądy służyły odnowieniu scholastyki, by stała się ona równorzędna z filozofią renesansową zwłaszcza na gruncie teologii i światopoglądu. Swoje spostrzeżenia zawarł w traktacie O prawach i Bogu jako prawodawcy (De legibus ac Deo legislatore) z 1612 roku.
Suarez uważał, że istnieje prawo natury, które stanowi podstawę prawa tworzonego przez ludzi. Głównym celem prawa powinno być dobro powszechne, rozumiane jako niewykluczające się dobro społeczeństwa i dobro jednostki. Ten pogląd widoczny jest także w spojrzeniu Suareza na stosunki pomiędzy państwami. Uważał, że każde państwo stanowi odrębny związek obywateli, który jednak należy do ogólnoludzkiej wspólnoty. Cele państwa nie powinny więc wykluczać się z dążeniami całej ludzkości.
Władza pochodzi od ludu, bowiem każdy człowiek jest naturalnie wolny i tylko on sam może zezwolić na sprawowanie nad nim jakiegokolwiek przymusu. Suarez dopuszcza istnienie każdego ustroju – pod warunkiem, że jest on sprawowany legalnie.