W sezonie 2006/2007 Gennaro Gattuso ponownie dotarł z Milanem do finału Ligi Mistrzów, w którym znów przyszło mu się zmierzyć z Liverpoolem, tym razem Milan wygrał. W sezonie tym A.C. Milan sięgnął także po Klubowe Mistrzostwo Świata. W sezonie 2010/2011 Gattuso świętował zdobycie swojego drugiego Mistrzostwa Włoch.
Kariera trenerska W czerwcu 2012 Gattuso podpisał dwuletni kontrakt ze szwajcarskim zespołem FC Sion, w którym pełnił funkcję grającego trenera. 13 maja 2013 został zwolniony z funkcji trenera FC Sion z powodu słabych wyników drużyny.
Później w czerwcu Gattuso został trenerem US Palermo, które w sezonie 2012/13 spadło do Serie B. Zadaniem Włocha było przywrócenie drużyny do najwyższej klasy rozgrywkowej we Włoszech – Serie A. We wrześniu 2013 roku po porażce 1:2 z Bari Gattuso został zwolniony z funkcji trenera. Jego następcą został Giuseppe Iachini. Powodem zwolnienia Gattuso były słabe wyniki zespołu. Drużyna prowadzona przez Włocha w sześciu meczach zdobyła zaledwie siedem punktów.
27 listopada 2017 roku został trenerem piłkarzy Milanu. Zastąpił na tym stanowisku Vincenzo Montellę.