Pomiar nie usuwa (zazwyczaj) badanych jonów z pułapki.
W pułapce analizatora poprzez odpowiednie wzbudzanie można selekcjonować jony, usuwać wybrane jony, chłodzić jony.
Analizatory FT-ICR są znacznie szybsze niż tradycyjne analizatory ICR. Inne parametry takie jak rozdzielczość, czułość, są podobne. Do przetwarzania sygnału z analizatora FT-ICR stosuje się komputery. Analizatory FT-ICR wyparły obecnie z rynku analizatory ICR.
Historia Pierwszy analizator FT-ICR skonstruowali Melvin B. Comisarow i Alan G. Marshall w 1973 roku na University of British Columbia. Pierwsze spektrum [CH4]+ uzyskano 17 grudnia 1973 roku. A.G. Marshal przyczynił się do opracowania teorii wzbudzenia jonów i wprowadził wzbudzanie szerokopasmowe z użyciem odwrotnej transformaty Fouriera (SWIFT), w celu uzyskania optymalnego kształtu fali wzbudzenia w pułapce jonowej spektrometru mas.
Konstrukcja FT-ICR jest połączeniem rozwijanych od około 1970, między innymi przez McIvera, konstrukcji analizatorów masy opartych na rezonansie magnetycznym (ICR), oraz używanej już wówczas w spektroskopii magnetycznego rezonansu jądrowego transformacji Fouriera.