Wynajęto dla niej nauczycieli, od których pobierała lekcje literatury i łaciny. Wychowywana była przez matkę w religii ewangelickiej, której nie wyrzekła się aż do śmierciI. Horn, Andrzej Batory, Warszawa 2010, s. 63–64..
Małżeństwo W 1576 stryj Krystyny, Stefan Batory, został koronowany na króla Polski. Pod koniec 1580 Batory zaplanował małżeństwo bratanicy z owdowiałym kanclerzem wielkim koronnym Janem ZamoyskimI. Horn, Andrzej Batory, Warszawa 2010, s. 62–63.. Małżeństwo miało wzmocnić wpływy rodu Batorych w Polsce. Z powodu młodego wieku Batorówny zaręczyny zostały odłożone do 1582. Król zaplanował przejście bratanicy na katolicyzm, czemu Krystyna stanowczo się sprzeciwiała. Po śmierci jej matki w 1581 jezuici z Kolozsváru przez półtora roku bezskutecznie próbowali ją nawrócić.