Kierowca i dwóch żołnierzy desantu zajmują miejsce w przedniej części pojazdu, działonowy i dowódca w wieży, a pięciu żołnierzy desantu w przedziale pomiędzy wieżą a przedziałem napędowym.
W przedniej części kadłuba znajdują się przedziały kierowania. W środkowej przedział bojowy z wieżą, a w tylnej przedział desantowy i napędowy. Opancerzenie kadłuba i wieży chroni przed ostrzałem broni strzeleckiej i odłamkami pocisków artyleryjskich.
W przedziale napędowym umieszczony jest silnik i układ przeniesienia mocy. Napęd BMD-3 stanowi czterosuwowy, wysokoprężny, chłodzony cieczą silnik 2W06 o mocy 450 KM. Moc z silnika jest przenoszona na koła napędowe przy pomocy hydromechanicznego układu przeniesienia mocy. Mechanizm przenoszenia mocy umożliwia ruch wozu do tyłu, hamowanie oraz skręcanie.
BMD-3 posiada zawieszenie niezależne hydropneumatyczne. Każde z 10 kół jezdnych jest połączone za pomocą wahacza z amortyzatorem hydropneumatycznym. Dzięki zastosowaniu zawieszenia hydropneumatycznego prześwit może być zmieniany w zakresie 130 – 530 mm. Napęd z silnika jest przekazywany na znajdujące się w tylnej części pojazdu koła napędowe. Z przodu pojazdu znajdują się koła napinające.
Napęd w wodzie zapewniają dwa pędniki wodne.