pojawiła się opcja negocjacji kontraktów menadżerskich, usprawniono interakcję z zawodnikami, czy wprowadzono nowy system treningowy.
Inne wersje Football Manager 2006 w wersjach na konsolę Xbox 360 oraz PlayStation Portable miały swoją premierę 13 kwietnia 2006 roku. Gra na konsoli Xbox jest pełnym odzwierciedleniem wersji na komputery osobiste i zawiera wszystkie opcje w niej dostępne. Jedynie jej interfejs został zmodyfikowany i przystosowany do obsługi padem. Gra wykorzystuje także system Xbox Live do maksymalnie szesnastoosobowej gry przez Internet. Wersja na PSP bazuje na kodzie gry Championship Manager 3. Z przyczyn technicznych gra musiała zostać mocno ograniczona w stosunku do wersji na komputery osobiste. Główne różnice to mniejsza baza danych, ograniczona liczba drużyn, brak trybu rozgrywki przez sieć oraz widoku meczu w trybie dwuwymiarowym.