Auksyny wpływają hamująco na formowanie się tkanki odcinającej i opadanie liści, są także odpowiedzialne za zjawisko dominacji wierzchołkowej, polegające na zahamowaniu rozwoju pąków pędowych. Auksyny wytwarzane przez merystem wierzchołkowy powodują, że pąki znajdujące się poniżej pozostają w stanie uśpienia. Gdy wierzchołek pędy głównego zostanie usunięty lub uszkodzony rośliny rozkrzewiają się w wyniku wzrostu obudzonych pąków pachwinowych. Podwyższone stężenie auksyn powoduje zahamowanie wzrostu wydłużeniowego korzeni. Wysoka zawartość auksyn prowadzi również do zwiększonej ilości kwiatów żeńskich, a jeśli kwiaty są obupłciowe następuje symulacja rozwoju zalążni i hamowanie rozwoju pręcików. U roślin dwupiennych, takich jak konopie siewne, obserwowano powstawanie kwiatów żeńskich na osobnikach męskich.