Biosynteza Główny przedstawiciel auksyn, IAA, może być wytwarzany w organizmie roślinnym na dwa sposoby. Szlak pierwszy rozpoczyna się od tryptofanu (Trp-zależny), szlak drugi jest niezależny od tego związku i określany jako Trp-niezależny. Biosynteza w efekcie szlaku Trp-zależnego jest niezbędna do embriogenezy, wzrostu siewek, rozwoju kwiatu, powstawania naczyń i innych procesów rozwojowych. Rola szlaku Trp-niezależnego jest słabo wyjaśniona. Synteza IAA z tryptofanu przebiega w dwóch etapach. Etap pierwszy prowadzi do powstania i jest katalizowany przez enzym TAA należący do rodziny aminotransferaz. Etap drugi katalizowany jest przez enzym YUCCA (YUC) z rodziny monooksygenaz flawinowych. U Arabidopsis thaliana istnieje 11 genów YUC. Możliwy jest udział kilku innych enzymów w syntezie IAA. CYP79B2/CYP79B3, nitrylazy, oksydaza aldehydowa dekarboksylaza IPA mogą uczestniczyć w syntezie w niewielkim stopniu lub tylko u niektórych gatunków.