Historia kamienicy w XVII i XVIII wieku nie jest zbyt dobrze znana. Prawdopodobnie łączyła ona funkcje budynku mieszkalnego i składowego, w którym poszczególne pomieszczenia były wynajmowane zagranicznym kupcom. Według przekazów zebranych w XIX wieku, mieściły się tutaj też mieszkania i pracownie korporacji szewskiej. W 1846 r. kamienicę zakupiło Towarzystwo Przyrodnicze w Gdańsku, które urządziło w jej wnętrzach sale posiedzeń, pracownie naukowe, małe muzeum oraz bibliotekę. W 1866 na wieży umieszczono obserwatorium astronomiczne – zniknął z niej wtedy hełm, zastąpiony obrotową kopułą. W wysokiej piwnicy natomiast mieściła się restauracja "Zum Grünen Gewölbe" (Pod zielonym sklepieniem).
W 1945 r. budynek został bardzo poważnie zniszczony, ale ocalała frontowa fasada wraz z wieżą. Odbudowano go w latach 1956–58 z przeznaczeniem na siedzibę Muzeum Archeologicznego w Gdańsku. Na wieżyczce przywrócono hełm w kształcie sprzed 1866 r.
Współcześnie wieża Domu Przyrodników funkcjonuje jako punkt widokowy udostępniony do zwiedzania. Na szczyt prowadzą w sumie 142 stopnie: 131 schodów betonowych, 10 drewnianych i platforma.