Prowadził aktywną działalność społeczną, był prezesem Rady Ogólnej Lekarskiej, członkiem Warszawskiego Towarzystwa Lekarskiego oraz Towarzystwa Przyjaciół Nauk. Pozostawił cenny dorobek naukowy w dziedzinie medycyny, głównie podręczniki dla studentów. „Materya medyczna, czyli nauka o sposobie stosowania środków lekarskich” i „Terapia szczegółowa” w języku łacińskim. W roku 1823 otrzymał dziedziczne szlachectwo Królestwa Kongresowego z herbem Jerzysław, ku czci także jego ojca. Zmarł na gruźlicę płuc, pozostawiając żonę Fryderykę i dziesięcioro dzieci nieomal bez środków do życia.
Wybitnym lekarzem był również jego syn Jan Karol Freyer (* 1808 – † 1867), którego syn Antoni, farmaceuta, zasłużył się m.in. jako jeden z założycieli Warszawskiego Towarzystwa Muzycznego. Potomkowie Jana Bogumiła piastowali wysokie stanowiska w przemyśle farmaceutycznym w Kongresówce (zakłady Ludwik Spiess i Synowie w Tarchominie, ob. Polfa). Rodzinny grobowiec Freyerów znajduje się na cmentarzu ewangelickim w Warszawie. (Aleja 7 nr 34).