W latach osiemdziesiątych podróżował na Daleki Wschód. W sierpniu 1883 r. pełnił funkcję radcy specjalnego misji dyplomatycznej Stanów Zjednoczonych w Korei. Spędził także długi okres w Japonii, pisząc książki o japońskich religiach, psychologii i zachowaniu. Książki autorstwa Percivala Lowella to Noto (1891) i Occult Japonia (1894); ta ostatnia jest owocem jego trzeciej i ostatniej podróży do tego regionu. Najpopularniejsza książka Lowella o Oriencie to Dusza Dalekiego Wschodu (1888) zawierająca syntezę jego poglądów. Lowell uważał, że postęp ludzkości zależy od takich cech jak indywidualizm i wyobraźnia.
W 1892 r. został wybrany do American Academy of Arts and Sciences. Od 1893 r. poświęcił się badaniom astronomicznym. Dzięki swemu bogactwu i wpływom założył obserwatorium, które nosi jego imię.
Wybuch I wojny światowej stanowił cios dla Lowella, który był zdeklarowanym pacyfistą.