W maju 1940 roku uzyskał przeniesienie do eskadry myśliwskiej Fighting Squadon Six (VF-6) lotniskowca „Enterprise”.
II wojna światowa Po wybuchu wojny na Pacyfiku wziął udział w rajdach USS „Enterprise” na Wyspy Marshalla, na atol Wake oraz w rajdzie na Marcus, po czym w kwietniu 1942 roku objął dowództwo Enterprise Air Group. Objęcie stanowiska dowódcy grupy lotniczej wiązało się ze zmianą pilotowanego samolotu, z myśliwskiego Grumman F4F Wildcat, na bombowiec nurkujący Douglas SBD Dauntless. Pilotując SBD-3 lotniskowca USS „Enterprise” 4 czerwca 1942 roku poprowadził eskadry bombowe VB-6 i VS-6 do ataku na wykryty pod Midway japoński zespół okrętów Kido Butai z lotniskowcami admirała Chūichi Nagumo.
Dzięki swojej intuicji, po bezskutecznym dwugodzinnym poszukiwaniu japońskiego zespołu, McClusky skierował prowadzone przez siebie eskadry bombowe śladem przypadkowo napotkanego japońskiego niszczyciela „Arashi”, który doprowadził VB-6 i VS-6 nad japoński zespół uderzeniowy Połączonej Floty. Skutkiem błędu taktycznego Wada McClusky'ego, wbrew obowiązującej doktrynie floty, obydwie eskadry bombowe zaatakowały najbliższy lotniskowiec „Kaga””Ian Toll: Pacific Crucible, s. 429-434. W efekcie tego błędu, 32 bombowce obu eskadr rozpoczęły atak na „Kagę” pozostawiając wolnym od ataku następny widoczny lotniskowiec „Akagi”.