W roku 1716 biskup wileński Konstanty Brzozowski konsekrował nowy kościół pod wezwaniem Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny i Św. Stanisława Kostki. W pożarze w roku 1751 spłonęły ołtarze, dzwony, organy, wieże, zegar oraz bibliotekaJ. Paszenda, Kościół i kolegium jezuitów w Nowogródku, „Przegląd Wschodni”, 7(2001), z. 4, s. 1154.. Z zachowanego inwentarza wiemy, że w latach 1753-1756 powstało jedenaście ołtarzy wewnątrz kościoła. Szczególną czcią otaczany był obraz Najświętszej Maryi Panny, który ocalał w pożarze. Obraz zaginął po kasacie zakonuA. Mariani, Wstęp, [w:] Inwentarze kolegium jezuitów w Nowogródku oraz jego majątków ziemskich z przełomu roku 1773 i 1774, opracowanie i wstęp A.Mariani, Poznań 2020, s. XXXV.. Pożar zniszczył również aptekę, bibliotekę oraz części kolegiumTamże, s. XXVIII..