Experimental studies of the formation of sedimentary iron sulfides (opiekun naukowy: Raymond Siever), a w 1963 roku odbył studia podoktoranckie w Instytucie Oceanografii Scrippsów (badania osadów dennych w Zatoce Kalifornijskiej, opiekun naukowy: Melvin Norman Adolph Peterson).
Duży wpływ na wybór dróg naukowych Roberta Bernera na wielkim interdyscyplinarnym obszarze „od czarnego błota do nauk o systemie Ziemi” wywarła wszechstronność zainteresowań i wiedza Alfreda C. Redfielda („grand old man of the ”), w którego zespole Berner spędził lato realizując program pracy magisterskiej. W zakres tej pracy wchodziły badania skał osadowych eocenu w hrabstwie Huerfano, które były wykonywane m.in. w czasie letnich obozów studentów geologii strukturalnej. W zajęciach uczestniczyła m.in. Elizabeth Kay (Betty) – córka znanego profesora geologii (), przyszła żona i wieloletnia bliska współpracowniczka Roberta Bernera (współautorka książek).
Miejsca pracy naukowej i dydaktycznej 1962–1963 – Sverdrup Postdoctoral Fellow Scripps Inst. of Oceanography (zob. Harald Sverdrup) 1963–1965 – Uniwersytet Chicagowski, Assistant professor (geologia i geofizyka) od 1965 – Uniwersytet Yale 1965–1971 – Assoc. Professor 1971–1987 – Professor 1987–2006 – Alan M.