Od momentu powstania parafii mieszkańcy Senglei korzystali z obecności księży zainteresowanych edukacją dzieci. W 1588 ks. Vincent Caruana, późniejszy drugi proboszcz parafii w Senglei, zebrał w kościele grupę młodzieży, i pomagał im w nauce na poziomie szkoły średniej. W rzeczywistości mały kościół św. Juliana stał się jedną z pierwszych szkół na Malcie.2 listopada 1624 biskup Baldassare Cagliares oddał kościół zakonowi augustianów. Bracia ci pozostali tu tylko sześć miesięcy, wyjechali w maju 1625. 11 stycznia 1693 nawiedziło Maltę trzęsienie ziemi o sile 7,4 w skali Richtera. Większość domów w Valletcie została uszkodzona, a kilka kopuł kościołów na Malcie i Gozo zawaliło się. Poważne zniszczenia nastąpiły w Mdinie, której katedra częściowo się zawaliła. Wstrząs spowodował również poważne uszkodzenie kościoła św. Juliana.