Dodatkowo jony glinu, magnezu, żelaza, cynku i wapnia (mleko) utrudniają wchłanianie doksycykliny, nie należy przyjmować preparatów i pokarmów zawierających znaczne ilości wymienionych pierwiastków jednocześnie z doksycykliną, jeżeli zajdzie konieczność należy zachować co najmniej 2 godziny odstępu pomiędzy przyjmowaniem.
Działania niepożądane Jak u innych tetracyklin. Zaburzenia żołądkowo-jelitowe, często biegunki, nudności, bóle w nadbrzuszu, wymioty. Przy dłuższym podawaniu mogą wystąpić wtórne zakażenia bakteryjne i grzybicze jelita grubego. Mają niewielkie działanie nefrotoksyczne i hepatotoksyczne. Lek ten jest fotouczulający i po ekspozycji na światło słoneczne może pozostawiać trwałe przebarwienia skóry. Jeżeli lek nie będzie popity dużą ilością płynu może spowodować owrzodzenie przełyku.
Przeciwwskazania Nie należy podawać tego leku kobietom w ciąży i dzieciom do 12 roku życia, ze względu na możliwość powstawania trwałych przebarwień zębów. Przebarwienia te powstają w wyniku odkładania się kompleksu tetracyklinowo-wapniowo-fosforanowego, co może dawać kolor szarobrunatny lub brunatnoczarny.