Jest pochowany na cmentarzu ewangelicko-augsburskim w Warszawie.
Nagrody i wyróżnienia Odznaka Magnum Trophaeum za wieloletnią współpracę z „Młodym Technikiem” (1973); Medal „Za zasługi dla obronności kraju” za scenariusze filmów oświatowych (1975); Nagroda Ministra Kultury i Sztuki za powieść Cylinder van Troffa (1980); Złota Sepulka za powieść Wyjście z cienia (1984); Śląkfa (1984). W roku 1985 otrzymał Nagrodę Fandomu Polskiego za powieść Paradyzja. Nagroda ta od 1986 roku nazwana została jego imieniem. Wręcza ją tradycyjnie Jadwiga Zajdel, wdowa po pisarzu.
Upamiętnienie Imię Janusza A. Zajdla nosi od 2023 roku rondo na skrzyżowaniu ulic Postępu i Konstruktorskiej w Warszawie, w dzielnicy Mokotów.
W 2013 roku z okazji rocznicy jego 75 urodzin został zorganizowany konkurs literacki, Światy Zajdla.
Publikacje Zbiory opowiadań Jad mantezji (Nasza Księgarnia, 1965) Przejście przez lustro (Iskry, 1975) Iluzyt (Nasza Księgarnia, 1976) Feniks (Nasza Księgarnia, 1981) Ogon diabła (KAW, 1982)