W trzeciej dekadzie stycznia 1941 roku „Marcantonio Colonna” wraz z patrolowały wody okalające Maltę; „Colonna” musiał przerwać patrol ze względu na awarię silników Diesla. Na początku kwietnia, w związku z wyjściem w morze brytyjskiego zespołu , „Marcantonio Colonna”, „Giovanni da Procida” i „” przeprowadziły patrole w Zatoce Genueńskiej. Od 5 do 7 czerwca „Marcantonio Colonna” i „Giovanni da Procida” zostały wysłane na wody nieopodal Genui na spotkanie Force H, uczestniczącego w Operacji Rocket (dostarczenia na Maltę samolotów myśliwskich Hurricane), składającego się z lotniskowców HMS „Ark Royal” (91) i „Furious” (47), krążownika liniowego HMS „Renown” (72) oraz niszczycieli HMS „Faulknor” (H62), , , , i . We wrześniu „Marcantonio Colonna”, „Giovanni da Procida” i operowały w centralnej części Morza Śródziemnego.
1 czerwca 1942 roku ze względu na zużycie okręt został rozbrojony i wycofany z czynnej służby. Od początku wojny do tej daty „Marcantonio Colonna” przeprowadził 12 rejsów operacyjnych oraz 6 przejść między portami