Rok 1999 Filho poświęcił przygotowaniom do 7. Otwartych Mistrzostw Świata Kyokushin. W K-1 wystąpił tylko raz. W rewanżowej walce z Hoostem znokautował go w pierwszej rundzie serią ciosów pięściami.
Na ring powrócił w 2000 roku, po wywalczeniu czempionatu w karate, w walce z Jérôme'em Le Bannerem. Przegrał w pierwszej rundzie przez ciężki nokaut. Mimo to parę miesięcy później wygrał turniej w Jokohamie, co umożliwiło mu wzięcie udziału w kolejnym turnieju o mistrzostwo K-1. Ponownie zmierzył się w nim z Ernesto Hoostem i po raz drugi przegrał na punkty w półfinale.
Ostatnią, czwartą próbę wywalczenia mistrzostwa K-1 Francisco Filho podjął rok później. W ćwierćfinale World Grand Prix 2001 pokonał przez TKO (kontuzja) Petera Aertsa, a w półfinale okazał się lepszy od nowej gwiazdy K-1, Białorusina Aleksieja Ignaszowa. W finale na Brazylijczyka czekała rewelacja turnieju, Mark Hunt. Regulaminowe trzy rundy nie przyniosły w oczach sędziów rozstrzygnięcia, więc zarządzono dodatkową. Hunt wykazał się w niej większą agresją i zadał więcej ciosów, co dało mu zwycięstwo przez jednogłośną decyzję.