Rezygnacja z kardynalatu Kolejny papież, Klemens XI, również cenił Filippucciego. Awansował go w strukturach kurialnych z nakazem przyjęcia urzędów. W 1706 mianował go również kardynałem. Filippucci dowiedziawszy się o nominacji, poinformował papieża, że nie chce jej przyjąć, jednak została ona ogłoszona. Podczas konsystorzu 17 maja 1706, na którym nastąpiło oficjalnie mianowanie kardynałów, odczytano memoriał Filippucciego, w którym błagał papieża o zwolnienie go z przyjęcia godności, co wprawiło zebranych w osłupienie. Klemens XI postanowił jednak mianować Filippucciego kardynałem, dając mu czas na przemyślenie decyzji, której jednak ten nie zmienił. Dowiedziawszy się, że obawa przed nakazem przyjęcia kardynalatu, pogorszyła stan zdrowia Filippucciego, Klemens XI postanowił nie wywierać na niego nacisków i powołał 13-osobową komisję kardynałów w celu zbadania czy człowiek, który został mianowany przez papieża kardynałem, powinien być uważany za kardynała, jeśli odmówił nominacji.