Matki Boskiej Bolesnej (później Najświętszego Sakramentu) została natomiast wzniesiona przy południowej elewacji w latach 1723–1727 przez Christopha Hacknera. thumb|240px|Zespół poklasztorny przy katedrze (obecnie gmach Wydziału Filologii Uniwersytetu Wrocławskiego) Po sekularyzacji zakonu w 1810 kościół przekształcono w parafialny, zaś budynki klasztoru przeznaczono na siedzibę sądu.
W ostatnich dniach II wojny światowej kościół uległ ciężkim zniszczeniom, m.in. zawaliła się wieża, a wraz z nią część ściany bocznej i sklepień. Zachowane w dobrym stanie stalle przeniesiono do chóru katedry. Odbudowa trwała ponad 40 lat. Została rozpoczęta w 1947 r. i zakończona w 1991 r. ponowną konsekracją. Odbudowany kościół (latarnia i hełm wieży ukończony dopiero w latach 80.) przez jakiś czas służył tymczasowo jako garnizonowy, w zastępstwie odbudowywanego po pożarze kościoła św. Elżbiety.
W 1997 papież Jan Paweł II i kard. Henryk Gulbinowicz przekazali świątynię Kościołowi greckokatolickiemu jako siedzibę eparchii wrocławsko-gdańskiej. W latach 1997–1999 ostatecznie ukończono renowację, m.in. przełożono dach.
Parafia greckokatolicka we Wrocławiu istnieje od 1956 roku.