Ostatecznie w roku 1755 Bobola został uznany przez Stolicę Apostolską za męczennika, natomiast nie wystarczyło to do beatyfikacji, która nastąpiła dopiero w 1853 roku. W kościele św. Stanisława istniała bogato zdobiona kaplica św. Andrzeja Boboli.
Budowę gmachu kolegium ukończono w 1731 roku, jednak było zbyt małe by pomieścić 70 członków zgromadzenia. W latach 40. XVIII wieku podjęto się modernizacji kościoła. Spowodowane to było zniszczeniem ołtarzu Zbawiciela oraz pożarem wież spowodowanym uderzeniem pioruna. Nowe wieże wzniesiono w latach 1749–1753. W roku 1758 kościół jezuitów uległ częściowemu spaleniu, do kasaty zakonu nie został on w pełni wyremontowany.
Okres po kasacie Po roku 1773 kościół został przejęty przez biskupa unickiego Joachima Korbackiego. Unici zachowali kult o. Andrzeja Boboli. Po zniesieniu unii brzeskiej kościół został zamieniony na cerkiew prawosławną pod wezwaniem Narodzenia Najświętszej Bogurodzicy. W budynku kolegium powstała szkoła zarządzana przez KEN, w której wykładało co najmniej ośmiu byłych jezuitów. Jezuici przejęli ponownie dawne kolegium w 1919 roku. Cały kompleks kolegium wymagał odbudowy, która została zakończona w roku 1923. Wybuch II wojny światowej sprawił, że kolegium zaprzestało działania.