W listopadzie tego roku objął redakcję reaktywowanego w Londynie „Zielonego Sztandaru”. Od końca listopada 1943 do czerwca 1944 Młodożeniec był pracownikiem tajnej radiostacji polskiej „Świt” nadającej audycje z terytorium Wielkiej Brytanii, a w latach powojennych nawiązał współpracę z Radiem Wolna Europa.
Ciężko chory powrócił do kraju w kwietniu 1957 i zamieszkał w Warszawie. Podjął współpracę z pismami literackimi. Na łamach tygodnika „Orka” (1958–1959) ogłosił fragmenty wspomnień o futuryzmie. Zdążył przygotować do druku Wiersze wybrane (1958), zbiór opowiadań W dolinie małej wody (1958) i tomik wierszy dla dzieci Wiosenne obrazki (1959).
Stanisław Młodożeniec zmarł w Warszawie 21 stycznia 1959, pochowany został w alei zasłużonych (grób 93) na cmentarzu Powązkowskim. Żonaty z Wandą Arlitewicz, malarką, miał dwoje dzieci: Zuzannę Bukowską i Jana, grafika i malarza.
Po śmierci Młodożeńca Tomasz Burek ogłosił Utwory poetyckie (1973) obejmujące niemal w całości jego dorobek liryczny. W 1976 ukazały się Opowiadania, które z pierwodruków prasowych zebrał, opracował i komentarzem opatrzył Wincenty Burek. Ocalała spuścizna literacka Stanisława Młodożeńca znajduje się w zbiorach działu literatury Muzeum Zamkowego w Sandomierzu.