Podział na koszyki Uwaga: Losowanie II rundy kwalifikacyjnej odbyło się przed zakończeniem I rundy kwalifikacyjnej, więc rozstawienia dokonano przyjmując założenie, że awans uzyska drużyna z najwyższym współczynnikiem w poprzedniej rundzie. W przypadku awansu, którejś z drużyn nierozstawionej, w II rundzie przejmuje ona współczynnik najwyżej rozstawionego rywala.
Oznaczenia: Drużyny, które awansowały z I rundy eliminacyjnej zachowując swój współczynnik.
Drużyny, które zaczęły rywalizację od II rundy eliminacyjnej.
Drużyny, które awansowały z I rundy eliminacyjnej, przejmując współczynnik rywala.
Ścieżka mistrzowska:
Grupa 1 Drużyny rozstawione Drużyna Wsp. Dinamo Zagrzeb44.500 BSC Young Boys35.000 Legia Warszawa16.500 Drużyny nierozstawione Drużyna Wsp. Slovan Bratysława7.500 Flora Tallinn6.250 Omonia Nikozja5.550
Grupa 2 Drużyny rozstawione Drużyna Wsp. Olympiakos SFP43.000 FK Crvena zvezda32.500 Sheriff Tyraspol14.500 Drużyny nierozstawione Drużyna Wsp. Alaszkert6.500 Neftçi PFK6.500 Kajrat Ałmaty6.000
Grupa 3 Drużyny rozstawione Drużyna Wsp. Łudogorec Razgrad28.000 Malmö FF18.500 CFR Cluj16.500 Ferencvárosi TC13.500 Drużyny nierozstawione Drużyna Wsp. NŠ Mura9.000 Žalgiris Wilno6.500 HJK Helsinki6.000 Lincoln Red Imps5.750