Boczne ściany prezbiterium i północna korpusu są opięte skarpami biegnącymi przez prawie całą wysokość elewacji. Skarpy w ścianie południowej korpusu są wciągnięte do wewnątrz, przez co zewnętrzna elewacja od tej strony jest gładka. Górą przez wszystkie elewacje biegnie fryz z motywem czteroliścia.
Wnętrze o wysokości 27 m jest przekryte sklepieniami gwiaździstymi, w nawach bocznych cztero-, w nawie głównej sześcio-, a w prezbiterium o ośmioramiennymi. W dolnej części nawy północnej znajduje się empora, będąca częścią dawnego krużganka klasztornego włączonego do wnętrza kościoła.
Od strony południowej, na przedłużeniu zewnętrznego muru korpusu, od strony ul. Panny Marii wznosi się mur z blankami i dwoma ostrołukowymi bramami. Do muru tego ok. połowy XVII w. dobudowano krużganek z wolutowymi szczytami rozebranymi w 1939 roku.
Zabudowania dawnego klasztoru franciszkanów tworzyły kompleks budynków na północ od kościoła. Po rozbiórce w XIX w. zachował się jedynie niewielki fragment skrzydła zachodniego, przylegający do kościoła.
Kościół pofranciszkański w Toruniu ma duże znaczenie dla rozwoju architektury gotyckiej Pomorza.