Wysoka fala spowodowała, że kapsuła z astronautami początkowo znalazła się czubkiem w dół i dopiero napełnienie pływaków spowodowało, iż odwróciła się do prawidłowej pozycji.
14 listopada 1969 r. piorun 2-krotnie uderzył w startujący Apollo 12 (najpierw w 36, a następnie w 52 sekundzie lotu), co mogło przerwać misję z Cape Canaveral, pierwszą od lądowania Apollo 11 na Księżycu, 4 miesiące wcześniej. Bean, jako inżynier systemów statku kosmicznego, szybko przełączył się na zapasowe źródło zasilania, oszczędzając ogniwa paliwowe misji i przywracając tym samym telemetrię statku. Jego działania umożliwiły kontynuowanie misji księżycowej Apollo 12.
Skylab 3 28 lipca 1973 r. wystartował do swojej drugiej misji kosmicznej oznaczonej jako Skylab SL-3. Był jej dowódcą. Na pokładzie statku Apollo towarzyszyli mu Owen Garriott i Jack Lousma. Podczas rekordowej, jak na tamte czasy, misji astronauci prowadzili liczne badania naukowe z dziedziny astronomii i biologii (m.in. dotyczyły one wpływu nieważkości na organizm ludzki). Podczas lotu Bean przez blisko trzy godziny pracował na zewnątrz stacji orbitalnej. 25 września, po ponad 59 dniach lotu, trójka astronautów powróciła na Ziemię, szczęśliwie wodując na Ocenie Spokojnym.