Kamień węgielny położono 2 czerwca 1912. Nowy kościół zbudowano wokół starego, który został rozebrany w 1918. W projektowanie i budowę świątyni zaangażowanych było kilku kamieniarzy i mistrzów budowlanych. Wstępne plany sporządził Ġammri Camilleri, który wraz z budowniczym Indri Deguarą nadzorował również zadaszenie zakrystii i niektórych kaplic. Ċensu Galea nadzorował początkowe etapy budowy, a plany kopuły sporządzili Ġiomaria Camilleri i Ġanni A. Cilia. Camilleri nadzorował budowę kopuły. Mieszkańcy Mġarr przyczynili się do budowy kościoła, zapewniając siłę roboczą oraz sprzedając jajka, owoce i zwierzęta gospodarskie aby zebrać fundusze.
Kiedy budynek był jeszcze w budowie, jego część została tymczasowo zadaszona, aby umożliwić odprawianie mszy świętych w środku. W latach 1933–35 staraniem proboszcza Edgara Salomone kilka budynków zostało wywłaszczonych przez rząd i rozebrane, aby zrobić miejsce dla placu przed kościołem. 1 września 1935 na dzwonnicach zainstalowano dwa dzwony. Prawie ukończony kościół został 13 sierpnia 1939 pobłogosławiony przez proboszcza Girolamo Chetcutiego, ale wkrótce potem budowa została wstrzymana z powodu wybuchu II wojny światowej. Projekt latarni na kopule oraz górne poziomy dzwonnic zaprojektował Ġużè Damato, a ich budowę rozpoczęto 25 lutego 1946.