Historia homeopatii thumb|Pomnik Hahnemanna w Waszyngtonie Próby leczenia schorzeń przez podawanie substancji, które u zdrowych osób wywołują objawy identyczne z objawami chorobowymi pacjenta, pojawiały się w historii medycyny już od czasów starożytnych.
Idee homeopatii znaleźć można w kanibalizmie medycznym: W Renesansie nagminnie spożywano mumie w celach pseudo-leczniczych, zaś spożywanie ludzkich szczątków pasowało do wiodących teorii medycznych tamtych czasów, wywodząc się z idei homeopatycznych, zgodnie z magią sympatyczną: „podobne leczy podobne”, czyli należy zjeść zmieloną czaszkę na bóle głowy, albo pijać świeżą krew na choroby krwi.
Twórcą homeopatii był niemiecki lekarz Samuel Hahnemann (1755–1843). Wprowadził on homeopatyczne lekarstwa, prawa, systematykę chorób oraz używane do dzisiaj określenia homeopatia i alopatia. Chciał w ten sposób wyróżnić własną koncepcję leczenia. Założenia leczenia homeopatycznego opisał w opublikowanym w 1810 Organonie sztuki medycznej.