Co więcej, Focjusz sam napisał list do Papieża, w którym informował, jakoby Ignacy sam złożył urząd, kiedy tak naprawdę Bardas, rządzący w imieniu małoletniego Michała III pozbawił go urzędu, gdyż ten napominał go, aby odstąpił od grzechu kazirodztwa ze swoją synową Eudocją, nie zgodził się zamknąć cesarzowej Teodory w klasztorze i uznać władzy Bardasa nad cesarstwemKs. Archutowski Roman, Ks. dr. Rychlicki J., Zarys historii Kościoła katolickiego dla wiernych, Kraków 1948, s. 54nnn..
Skutki W 867 Focjusz rozesłał list do pozostałych patriarchów informując o szerzącej się w Kościele zachodnim herezji Filioque (według biskupów wschodnich) i ogłosił, że ekskomunikował papieża. W tym samym roku na skutek zamachu bizantyjski tron objął Bazyli I Macedończyk. Nowy cesarz wypędził z Konstantynopola Focjusza, który był powiązany z poprzednim władcą i mógł stanowić zagrożenie polityczne. Patriarchą został ponownie Ignacy. W tym samym czasie zmarł papież Mikołaj, a jego następcą został Hadrian II.
Nowy papież i nowy cesarz zwołali w Konstantynopolu sobór, który miał ostatecznie rozwiązać sprawę Focjusza. Sobór rozpoczął się w 869 i jego głównym postanowieniem było potwierdzenie urzędu patriarchy dla Ignacego.