Zginął 10 kwietnia 2010 w katastrofie polskiego samolotu Tu-154M w Smoleńsku w drodze na obchody 70. rocznicy zbrodni katyńskiej. 20 kwietnia 2010 został pochowany na cmentarzu parafii św. Zofii Barat w Warszawie. Jego ciało zostało ekshumowane 24 listopada 2016 w związku z prowadzonym w Prokuraturze Krajowej śledztwem w sprawie katastrofy smoleńskiej. Został ponownie pochowany w grudniu tego samego roku.
Odznaczenia, wyróżnienia i upamiętnienie 16 kwietnia 2010 pośmiertnie odznaczono go Krzyżem Komandorskim z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski, a także pośmiertnie złotą Glorią Artis i Medalem Komisji Edukacji Narodowej. Tego samego dnia Sejmik Województwa Dolnośląskiego nadał mu tytuł honorowego obywatela Dolnego Śląska.
Tomaszowi Mercie poświęcono biografię literacką autorstwa Beaty Mikluszki i Łukasza Perzyny Poeta na urzędzie (Wyd. Akces, Warszawa 2011), zawierającą relacje m.in. Kazimierza Michała Ujazdowskiego, Bogdana Zdrojewskiego i Marka Cichockiego. „Teologia Polityczna” i Muzeum Historii Polski w Warszawie wydały Nieodzowność konserwatyzmu. Księgę pamięci Tomasza Merty oraz Nieodzowność konserwatyzmu. Pisma wybrane. Pośmiertnie przyznano mu Nagrodę Literacką im. Józefa Mackiewicza (2012, za książkę Nieodzowność konserwatyzmu.