Po II wojnie światowej i zmianie przebiegu granicy włosko-jugosłowiańskiej, całość linii była operowana przez JDŽ, której nazwę w 1952 r. zmieniono na JŽ. W latach 50. i 60. na terenie Słowenii elektryfikowane były kolejne linie kolejowe. W 1991 r., po rozpadzie Jugosławii, została powołana spółka Slovenske železnice z siedzibą w Lublanie. Od 1992 r. Słowenia jest członkiem UIC. Po rozpadzie Jugosławii zawieszono ruch graniczny na kilku lokalnych liniach między Słowenią a Chorwacją. W 1999 r. zakończono przebudowę linii łączącej Murską Sobotę i Hodoš, umożliwiając połączenie kolejowe z WęgramiEisenbahnatlas Italien XX.. W 2016 r. zakończono elektryfikację tej linii.
W 2000 r. do ruchu wprowadzono nowe elektryczne zespoły trakcyjne Siemens Desiro do obsługi tras regionalnych oraz elektrycznych zespołów trakcyjnych ETR310 Pendolino do obsługi połączeń ICS. W 2018 r. i 2019 r. SŽ podpisały kontrakty z producentem taboru kolejowego Stadler na dostawę łącznie 52 spalinowych i elektrycznych zespołów trakcyjnych z rodzin Stadler FLIRT i Stadler KISS. Dzięki temu znacząco poprawi się jakość usług świadczonych przez słoweńskie koleje. Nowe składy zastąpiły m.in. dostarczane do Jugosławii w latach 60.