Surowe wymagania moralne i teologiczne wobec nowych członków kościoła sprawiały, że jego wzrost liczebny był bardzo powolny.

Jednocześnie od końca XVI wieku odzywały się głosy pastorów, którzy żądali poluzowania niektórych wymogów moralnych oraz rewizji Confessio Belgica i Katechizmu Heidelberskiego, których interpretacja zdaniem tych duchownych stała się zbyt restrykcyjna, szczególnie w kwestii predestynacji. W 1606 Jakub Arminius (1560-1609), profesor teologii na Uniwersytecie w Lejdzie, wystąpił z otwartą krytyką kalwińskiego nauczania o predestynacji. Arminius podnosił także prawo każdego duchownego do wolności nauczania z ambony i sugerował potrzebę rewizji Confessio Belgica. Przeciw Arminiusowi wystąpił jego kolega z uniwersytetu Franciszek Gomarus (1563-1641). Zwolenników pierwszego nazywano arminianami, a drugiego gomarystami.