Po nieco ponad dwóch godzinach lotu z Boeingiem 737-800 w białoruskiej przestrzeni powietrznej, na krótko przed wejściem w litewską przestrzeń powietrzną, skontaktowała się kontrola ruchu lotniczego Białorusi. Według informacji białoruskich kontrolerów na pokładzie miały znajdować się materiały wybuchowe. Lot został przekierowany na lotnisko w Mińsku w celu rzekomego awaryjnego lądowania. Powszechnie przyjęta jest opinia, że to prezydent Alaksandr Łukaszenka sam tajnie wydał instrukcje w tej sprawie. Samolotowi Boeing 737 towarzyszył w tym czasie białoruski samolot myśliwski MiG-29. Z zapisu lotu dostępnego na portalu Flightradar24 wynika, że w momencie zmiany kierunku samolot był znacznie bliżej Wilna (tj. celu podróży), niż Mińska. Według doniesień białoruskie władze zagroziły zestrzeleniem cywilnego samolotu; Białoruś nie potwierdziła tych doniesień. O 13:21 lokalnego czasu samolot wylądował w Mińsku. Następnie aresztowano krytycznego wobec dziennikarza Ramana Pratasiewicza, który był na pokładzie. Aresztowano także studentkę Sofię Sapiegę, partnerkę Pratasiewicza i obywatelkę Rosji.