Oba kraje starły się podczas II wojny światowej, kiedy Włochy bombardowały wyspę podczas oblężenia Malty przez trzy lata między czerwcem 1940 a grudniem 1942, ponieważ Malta odrzuciła faszyzm i poparcie nazistów Mussoliniego.

Stosunki niezależne thumb|List z wnioskiem o członkostwo w Europejskiej Wspólnocie Gospodarczej złożony przez Maltę w 1990, wysłany przez maltańskiego ministra spraw zagranicznych Guido de Marco włoskiemu ministrowi spraw zagranicznych Gianniemu De Michaelis, sprawującemu wówczas rotacyjną prezydencję w Radzie UE (ze zbiorów Domu Historii Europejskiej w Brukseli)

Włochy były pierwszym krajem, który ustanowił misję dyplomatyczną na Malcie i pierwszym, który mianował ambasadora rezydenta (od tego czasu zamieszkałego w „Villa Bel Air” w Ta 'Xbiex) po uzyskaniu przez Maltę niepodległości i pełnoprawnym członkostwie ONZ. 1 grudnia 1964 pierwszy ambasador Włoch złożył listy uwierzytelniające gubernatorowi generalnemu, sir Maurice’owi Dormanowi.

W 1980 roku Malta zawarła porozumienie o neutralności z Włochami, na mocy którego Malta zgodziła się nie zawierać żadnego sojuszu, a Włochy zgodziły się zagwarantować neutralność Malty. Stosunki Malty z Włochami opisano jako „ogólnie doskonałe”.