Termin ten został opublikowany przez brytyjskiego ekologa Arthura Tansleya w 1935Tansley, A. G. 1935. The use and abuse of vegetational concepts and terms. Ecology 16: 284-307. jako skrót od angielskich słów ecological system. Zaproponowany mu został na początku lat 30. XX wieku przez Arthura Roya Claphama.
Warder Allee i in. w 1950 w definicji ekosystemu podkreślili współdziałanie systemu biotycznego i abiotycznego. Wyróżnili akcję – działanie siedliska fizyko-chemicznego na organizmy, reakcję organizmów i koakcję – wzajemne oddziaływanie organizmów na siebie nawzajem.
Różni autorzy tworzyli własne określenia stosowane zamiennie wobec „ekosystemu”. Do przykładów należą: mikrokosmos (Forbes, 1887), holocen (Friedrichs, 1930), biosystem (Thienemann, 1939), pleocen (Trojan, 1975), fizjocenoza (Wodziczko, 1950), biogeocenoza (Sukacev i Dyiis, 1964). mały|Emitująca dym elektrownia cieplna Navajo w pobliżu miasta Page, Arizona, Stany Zjednoczone