Czehryń graniczył kiedyś z wsiami Birki, Strzynówki i Sosnówka.
Pomimo zakazu królewskiego dotyczącego przyjmowania zbiegów miasto w późniejszych latach było zamieszkane przez różnych uciekinierów z całej Rzeczypospolitej. Do pierwszego poważnego buntu przybyszów przeciw władzy królewskiej doszło już w roku 1593 (Powstanie Kosińskiego). W czerwcu 1601 roku na miasto najechało 300 Tatarów pod dowództwem Kozaka Skorohody, jednak najazd odparł z mieszczanami podstarości Wolski. Po buncie atamana kozackiego Doroszenki miasto i zamek wzmiankowano w 1611 roku jako spustoszone. W 1622 roku opisywano, że zamek ma trzy wieże, a samo miasteczko jest otoczone palisadą, w której są dwie bramy. W 1637 roku miasto zajęli zbuntowani Kozacy Pawluka. Ze względu na swoje strategiczne położenie były (po Kudaku) najbardziej na wschód wysuniętą twierdzą Rzeczypospolitej. Czehryń był jedną z głównych siedzib Chmielnickiego podczas wznieconego przez niego powstania, tutaj też przyjmował posłów i zmarł. W 1664 roku kozacki hetman Iwan Brzuchowiecki obległ w zamku Teterę. W 1667 roku po długim oblężeniu polska załoga twierdzy zmuszona była skapitulować przed kozackimi oddziałami Doroszenki. W 1678 roku miasto i twierdzę zdobyły wojska tureckie i całkowicie je zniszczyły.