W 1992 stanął objął kierownictwo nowo powołanego Generalnego Inspektoratu Celnego. Po pół roku został zdymisjonowany przez premier Hannę Suchocką. W 1995 postawiono mu zarzut zaniedbania, na skutek którego Skarb Państwa miał ponieść stratę w wysokości 8 mln zł, jednak w 1999 prokurator umorzył śledztwo przeciwko niemu w tej sprawie.
W wyborach parlamentarnych w 1993 bez powodzenia ubiegał się o mandat poselski z listy PC. W latach 1993–1994 doradzał prezesowi Najwyższej Izby Kontroli Lechowi Kaczyńskiemu. Pełnił również funkcję dyrektora Biura Kontroli Telewizji Polskiej. W 1998 ponownie został generalnym inspektorem celnym, zajmował to stanowisko przez okres około pół roku. Po raz trzeci funkcję tę pełnił w 2001. W tym samym roku bez powodzenia kandydował do Sejmu z listy Prawa i Sprawiedliwości.
Po wyborze Lecha Kaczyńskiego na stanowisko prezydenta m.st. Warszawy został mianowany komendantem stołecznej straży miejskiej. 3 listopada 2005 powierzono mu pełnienie obowiązków szefa Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego. 30 listopada 2005 został szefem tej służby. 12 września 2006 złożył dymisję z zajmowanego stanowiska, a 4 października 2006 powołano go na stanowisko szefa Służby Wywiadu Wojskowego. 16 stycznia 2008 przestał pełnić tę funkcję.