Od 1945 roku Janina Lewon pracowała w aptece Wacława Domańskiego w Gdańsku-Nowym Porcie. Była członkiem komitetu organizacyjnego Akademii Lekarskiej w Gdańsku. Rok później została zatrudniona w Katedrze Farmakognozji AL na stanowisku starszego asystenta, a w 1947 roku awansowała na adiunkta w nowo powstałej Katedrze Farmacji Stosowanej. W roku 1948 powróciła do poprzedniej katedry. W 1949 roku była współorganizatorem kursu dla pomocniczych sił naukowych. Z rokiem 1953 rozpoczęła pierwsze samodzielne badania naukowe, związane z oznaczaniem alkaloidów w poszczególnych częściach rośliny z rodziny dzwonowatych Lobelia inflata. W swojej działalności naukowej skupiła się na badaniach jałowości leków, metodach sporządzania farmaceutyków jałowych, w tym medykamentów ocznych i antybiotyków. Do jej zakresu zainteresowań należały inhibitory antybiotyków oraz proces kiełkowania zarodników laseczek tlenowych w lekach tyndalizowanych. Od 1956 roku prowadziła kursy podyplomowe dla farmaceutów dotyczące przygotowania i kontroli leku jałowego. Dwa lata później zaczęła redagować dodatek kwartalny do periodyku „Farmacja Polska” pt. „Apteka Szpitalna”. Działania Janiny Lewon przyniosły aptece AMG dwa pierwsze w Polsce boksy aseptyczne, co umożliwiło edukację studentów farmacji odbywających część zajęcia aptece.