Wybuch II wojny światowej zastał ją w Garbowie. Tam spędziła większą część okupacji. Broniewscy od samego początku zaangażowali się w działalność konspiracyjną. Przekazywali duże sumy pieniędzy na rzecz organizacji podziemnych: Armii Krajowej, a następnie Narodowych Sił Zbrojnych. Stefania Broniewska była członkiem NSZ od samego początku jego istnienia. Pełniła rolę łączniczki. Ze względów bezpieczeństwa jeszcze w 1942 r. jej mąż Zygmunt Broniewski wystarał się dla siebie i Stefanii o fałszywe dokumenty na nazwiska: Kowalscy, a następnie Boguccy, co stało się jednym z zarzutów stawianych Stefanii Broniewskiej w czasie późniejszego procesu prowadzonego przez UB.
Bronienie dworu w Garbowie przed napadem
W styczniową noc 1944 roku dwór w Garbowie został napadnięty przez 30-osobową bandę rabusiów, składającą się w dużej części z radzieckich partyzantów. Ta sama banda napadła i spaliła wcześniej dwór Łabędzkich w Ługowie, dwór Studnickich w Leścach i Dom Zarządu Gminnego w Garbowie. W chwili napadu nie było Zygmunta Broniewskiego ani żadnego z polskich oddziałów partyzanckich. Stefania Broniewska zorganizowała obronę wraz z rezydującymi w dworze rtm. Kazimierzem Stawińskim, bratem Aleksandrem Gerliczem i lokajem Karolem Adamczykiem.