Kolejne lata to w szczególności badania natury sił dyssypacyjnych w materii jądrowej na pograniczu energii niskich (kilka MeV na nukleon) i pośrednich (kilkadziesiąt MeV/nukleon). Zaproponował nową metodę eksperymentalną pozwalającą na pomiary skali czasowej w reakcjach pół-peryferyjnych. Metoda jest z powodzeniem stosowana w pracach prowadzonych w laboratorium w Katanii. Był również współautorem modelu „Fusion by Diffusion”Fusion by diffusion. II. Synthesis of transfermium elements in cold fusion reactions, January 2005Physical Review C 71(1).FUSION BY DIFFUSION MODEL REVISITED, T. CAP, K. SIWEK-WILCZYŃSKA and J. WILCZYŃSKI., który jest stosowany do opisu reakcji prowadzących do produkcji nowych pierwiastków superciężkich (pierwiastki o liczbach atomowych Z > 104). Profesor Wilczyński brał udział w pracach wielu komitetów doradczych międzynarodowych konferencji naukowych i wygłosił około 20 zaproszonych referatów.
Publikacje Jest autorem ponad 160 publikacji w referowanych, międzynarodowych czasopismach naukowych. Indeks cytowań według SCOPUS wykazuje ponad 4500, a tzw. indeks Hirsha wynosi 38.