Odtwarzacz nie obsługuje Apple Lossless i AIFF (iPod shuffle 4G już obsługuje te formaty) ale według niektórych źródeł lepiej odtwarza basy niż inne odtwarzacze z rodziny iPodów. IPod shuffle również nie odtwarza muzyki z klipów muzycznych – użytkownik musi nabyć plik muzyczny niezależnie od zakupionych już w iTunes Store wideoklipów.
Oprogramowanie Darmowy program iTunes służy do kopiowania plików muzycznych do iPoda. Posiada kilka przydatnych funkcji, np. zmienia bit rate do 128 kbit/s. Konwersja jest automatyczna. Oryginalny plik zostaje nie zmieniony. Plik ze zmniejszonym bit rate jest kopiowany do odtwarzacza. Służy również do przydzielenia pamięci, która może zostać wykorzystana jako PenDrive. Oprócz tego programu do zarządzania muzyką można używać programu shuffle Database Builder.
Akcesoria W internecie jest dostępnych wiele akcesoriów i gadżetów. Można znaleźć m.in. opaski na rękę, różnego rodzaju etui, obudowy (od plastikowych, poprzez metalowe, aż do drewnianych), głośniki, tuner radiowy, ściereczki do czyszczenia obudowy. thumb|200px|iPod shuffle pierwszej generacji thumb|left|200px|Zawartość pudełka