W 1526 przeszła w ręce ewangelików, w latach 1741–1920 kościół garnizonowy. Zniszczenia z okresu II wojny światowej sięgnęły 70%, kościół stracił całe swoje wyposażenie i średniowieczne polichromie, spłonęły dachy, runęły sklepienia. Zabezpieczony tuż po wojnie, odbudowany w latach 1959–1961. Przekazany Kościołowi prawosławnemu w czerwcu 1963 i ustanowiony katedrą diecezji wrocławsko-szczecińskiej. Wpisany do rejestru zabytków 27 listopada 1947 pod nr 11 oraz 23 października 1961 pod nr A/288/15.
Elewację świątyni odrestaurowano w latach 1963–1965. W 1985 ukończono remont wież, a do 1994 wymieniono pokrycie dachu.
Mimo wielu przebudów i zniszczeń do dziś zachowało się kilka dzieł, które niegdyś tworzyły wystrój tegoż kościoła. Najcenniejszym z nich jest gotyckie retabulum ołtarza głównego ze scenami z Żywota św. Barbary oraz Pasji i triumfu Chrystusa. Obecnie zdekompletowany w MNW. Również w zbiorach warszawskich datowane na 1410 epitafium Barbary Polani z wizerunkami Marii i Vir Dolorum. W zbiorach MNWr obraz Veraicon z ok. połowy XV wieku.