Hurt usystematyzował i uporządkował zebrane materiały w tomy według formatu i miejsca. Po śmierci Hurta jego zbiór został przeniesiony do repozytorium Fińskiego Towarzystwa Literackiego w Helsinkach, ponieważ w tym czasie w Estonii nie było warunków do odpowiedniego przechowywania zebranych materiałów. Inicjatorem tego ruchu był fiński folklorysta Kaarle Krohn (1863–1933).
Estońskie archiwum zostało zainspirowane Archiwum Folkloru Łotewskiego, które powstało w 1924 r. jako pierwsze tego typu archiwum w regionie. 24 września 1927 roku Estońskie Archiwum Folklorystyczne zostało niezależnym oddziałem Estońskiego Muzeum Narodowego, a na jego czele stanął Oskar Loorits. Pracownicy naukowi koncentrowali się wtedy na przetwarzaniu wcześniej zebranych materiałów i udostępnianiu ich do dalszych badań.
W 1940 roku Archiwum przekształciło się w Oddział Folkloru . Podczas okupacji hitlerowskiej (1941-1944) nastąpiła ponowna reorganizacja. Dział Folkloru ze swoimi zbiorami stał się częścią Uniwersytetu w Tartu. W 1943 r., aby uchronić zbiory przed zniszczeniem, ewakuowano je w różne miejsca w całej Estonii.