Część żołnierzy, a wśród nich Marian Sypniewski, 8 września 1939 roku nieopodal Korchowa pod Tarnogrodem została wzięta do niewoli przez Armię Czerwoną. Był więźniem obozu przejściowego w miejscowości Bołoto k. Putywla, następnie obozu NKWD w Kozielsku. Zamordowany w Katyniu. Na liście wywozowej z 9 kwietnia 1940 roku Marian Sypniewski zapisany był pod numerem 025/3. Został rozstrzelany 13–14 kwietnia 1940 roku. Spoczywa na Polskim Cmentarzu Wojennym w Katyniu.
Od 20 kwietnia 1935 roku był mężem nauczycielki Haliny z Kandziorów.
5 października 2007 minister obrony narodowej Aleksander Szczygło mianował go pośmiertnie na stopień kapitanaDecyzja Nr 439/MON Ministra Obrony Narodowej z dnia 5 października 2007 w sprawie mianowania oficerów Wojska Polskiego zamordowanych w Katyniu, Charkowie i Twerze na kolejne stopnie oficerskie. Decyzja nie została ogłoszona w Dzienniku Urzędowym MON.. Awans został ogłoszony 9 listopada 2007, w Warszawie, w trakcie uroczystości „Katyń Pamiętamy – Uczcijmy Pamięć Bohaterów”.
Upamiętnienie Marian Sypniewski jest patronem jednej z ulic w Pobiedziskach.