23 października (według innych źródeł 23 kwietnia) 1523 Johannes Heß wygłosił w kościele Marii Magdaleny pierwsze na Śląsku kazanie ewangelickie i mimo sprzeciwu kapituły katedralnej wkrótce został jego proboszczem. Odtąd będący własnością rady miejskiej kościół był świątynią protestancką. Po katastrofie budowlanej, która dotknęła hełm wieży kościoła św. Elżbiety, ze względów bezpieczeństwa usunięto w 1533 nadwątlony hełm z wieży południowej, a 1564 z północnej. W latach 1564–1581 wzniesiono nowe pokryte miedzią hełmy o formach renesansowych. W północnej wieży zawieszono dwa nowe dzwony, które nazwano Tureckimi, gdyż powstały w okresie największych obaw przed inwazją Imperium Osmańskiego. Elewacje kościoła otynkowano, zaś dachy naw bocznych podniesiono ponad poziom łęków przyporowych, gdyż wbudowano tam empory, co znacznie zmniejszyło dopływ światła do wnętrza. W latach 1722–1724 zbudowano w przęśle pomiędzy wieżami według projektu Georga Urbansky’ego nowy prospekt organowy.