W 1855 wraz z pianistą Williamem Masonem zainicjował czternastoletni cykl comiesięcznych koncertów kameralnych w nowojorskim Dodworth Hall, z inauguracyjnym prawykonaniem Tria fortepianowego H-dur op. 8 Brahmsa. W 1859 poprowadził w nowojorskiej Academy of Music opery Lukrecja Borgia i Faworyta Donizettiego. W 1862 osobiście sponsorował i poprowadził swój pierwszy koncert symfoniczny w Irving Hall. Program koncertu w wyważony sposób obejmował muzykę lekką i poważną, dzięki czemu Thomas łatwiej docierał do szerokiej publiczności, równocześnie bawiąc ją i edukując. Podobny repertuar prezentował też podczas letnich koncertów w nowojorskim Central Park Garden (1865 i 1868–1875) oraz w Chicago (1877–1890).
W sezonie 1862/63 wraz z Theodorem Eisfeldem prowadził koncerty w Brooklyn Philharmonic Society, od 1866 został samodzielnym dyrygentem towarzystwa pełniąc tę funkcję do 1891, a założona przez niego w 1867 Theodore Thomas Orchestra miała tam swoją stałą siedzibę.