Odbudowa kompleksu trwała do 1753, dzięki środkom pozyskanym od władz pruskich, biskupa wrocławskiego, śląskiej arystokracji, a także kweście wśród wiernych Śląska, Polski i CzechMusiał M., 2015, strona 110..
W 1792 franciszkanie zmuszeni byli odstąpić swój klasztor elżbietankom, które pozostawały tu do roku 1945. Wtedy przejęli go salezjanie, a w 1953 oni z kolei zmuszeni zostali oddać klasztor na potrzeby domu studenckiego wrocławskiego Uniwersytetu. W 1998 decyzją kardynała Henryka Gulbinowicza przejęli go paulini.
Kościół ma szerokość ok. 18 metrów, długość 30, a wysokość sklepienia 17. Nad portalem znajduje się figura patrona kościoła, św. Antoniego z Padwy (od jego imienia wzięła w 1718 nazwę cała ulica, przedtem nazywana Hundstrasse – „Psia”), natomiast obecnie patronem parafii (rzymskokatolickiej) tego kościoła jest św. Mikołaj.
Okolicę, w której znajduje się kościół, nazywa się Dzielnicą Czterech Świątyń, gdyż w pobliżu znajdują się ponadto ewangelicki kościół dworski, Synagoga Pod Białym Bocianem oraz prawosławna cerkiew św. Barbary.
Od 25 marca 2014 roku, dzięki decyzji arcybiskupa Józefa Kupnego, świątynia nosi tytuł Sanktuarium Jasnogórskiej Matki Kościoła.